MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1046T

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187139	ATG	2	6	82	87	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NT_187139	AAG	2	6	89	94	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NT_187139	T	6	6	172	177	0 %	100 %	0 %	0 %	426202336
4	NT_187139	T	6	6	180	185	0 %	100 %	0 %	0 %	426202336
5	NT_187139	GTTT	2	8	244	251	0 %	75 %	25 %	0 %	426202336
6	NT_187139	TGTT	2	8	320	327	0 %	75 %	25 %	0 %	426202336
7	NT_187139	A	9	9	347	355	100 %	0 %	0 %	0 %	426202336
8	NT_187139	ATT	2	6	365	370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202336
9	NT_187139	TTA	2	6	378	383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202336
10	NT_187139	TTC	2	6	388	393	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202336
11	NT_187139	TTA	2	6	396	401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202336
12	NT_187139	T	6	6	467	472	0 %	100 %	0 %	0 %	426202336
13	NT_187139	T	6	6	514	519	0 %	100 %	0 %	0 %	426202336
14	NT_187139	TGT	2	6	558	563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202336
15	NT_187139	TCT	2	6	569	574	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202336
16	NT_187139	ATTT	2	8	580	587	25 %	75 %	0 %	0 %	426202336
17	NT_187139	T	7	7	638	644	0 %	100 %	0 %	0 %	426202336
18	NT_187139	GA	3	6	646	651	50 %	0 %	50 %	0 %	426202336
19	NT_187139	AAT	2	6	664	669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202336
20	NT_187139	TTTA	2	8	673	680	25 %	75 %	0 %	0 %	426202336
21	NT_187139	T	6	6	738	743	0 %	100 %	0 %	0 %	426202337
22	NT_187139	T	6	6	749	754	0 %	100 %	0 %	0 %	426202337
23	NT_187139	TTTA	2	8	809	816	25 %	75 %	0 %	0 %	426202337
24	NT_187139	CT	6	12	821	832	0 %	50 %	0 %	50 %	426202337
25	NT_187139	ATTT	2	8	880	887	25 %	75 %	0 %	0 %	426202337
26	NT_187139	AT	3	6	920	925	50 %	50 %	0 %	0 %	426202337
27	NT_187139	AATCA	2	10	1013	1022	60 %	20 %	0 %	20 %	426202337
28	NT_187139	ACA	2	6	1026	1031	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202337
29	NT_187139	ATTA	2	8	1037	1044	50 %	50 %	0 %	0 %	426202337
30	NT_187139	ATT	2	6	1074	1079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202337
31	NT_187139	TAA	2	6	1099	1104	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202337
32	NT_187139	T	7	7	1115	1121	0 %	100 %	0 %	0 %	426202337
33	NT_187139	ATT	2	6	1151	1156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202337
34	NT_187139	A	6	6	1157	1162	100 %	0 %	0 %	0 %	426202337
35	NT_187139	AT	4	8	1253	1260	50 %	50 %	0 %	0 %	426202337
36	NT_187139	CTTG	2	8	1320	1327	0 %	50 %	25 %	25 %	426202337
37	NT_187139	TAG	2	6	1372	1377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202337
38	NT_187139	CCT	2	6	1410	1415	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	426202337
39	NT_187139	TTA	2	6	1432	1437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202337
40	NT_187139	T	8	8	1444	1451	0 %	100 %	0 %	0 %	426202337
41	NT_187139	ATTT	2	8	1458	1465	25 %	75 %	0 %	0 %	426202337
42	NT_187139	TAA	2	6	1534	1539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NT_187139	T	6	6	1540	1545	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NT_187139	TATT	2	8	1557	1564	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NT_187139	GTA	2	6	1600	1605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NT_187139	TA	3	6	1604	1609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NT_187139	GCT	2	6	1616	1621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NT_187139	T	6	6	1690	1695	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NT_187139	TGTA	2	8	1717	1724	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NT_187139	TAA	2	6	1739	1744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NT_187139	AAT	2	6	1786	1791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NT_187139	T	7	7	1826	1832	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NT_187139	GAA	2	6	1845	1850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NT_187139	GTT	2	6	1862	1867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NT_187139	GTT	2	6	1881	1886	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NT_187139	TAA	2	6	1906	1911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NT_187139	CTT	2	6	1921	1926	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NT_187139	TAA	2	6	1949	1954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NT_187139	GAT	2	6	1963	1968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NT_187139	ATT	2	6	1985	1990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NT_187139	TAGA	2	8	2029	2036	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NT_187139	ATT	2	6	2172	2177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NT_187139	ATG	2	6	2280	2285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NT_187139	AAG	2	6	2287	2292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NT_187139	ATT	2	6	2388	2393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NT_187139	CTG	2	6	2430	2435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NT_187139	CAG	2	6	2448	2453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NT_187139	CAA	2	6	2454	2459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NT_187139	CAT	2	6	2466	2471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NT_187139	AGT	2	6	2557	2562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NT_187139	ATT	2	6	2578	2583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NT_187139	CAC	2	6	2604	2609	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NT_187139	TGC	2	6	2665	2670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NT_187139	GCT	2	6	2675	2680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NT_187139	CTT	2	6	2683	2688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NT_187139	AGC	2	6	2695	2700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NT_187139	GCC	2	6	2735	2740	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NT_187139	ATT	3	9	2755	2763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NT_187139	T	6	6	2788	2793	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NT_187139	TAC	2	6	2830	2835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NT_187139	AGC	2	6	2902	2907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NT_187139	CAC	2	6	2910	2915	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NT_187139	AGC	2	6	2926	2931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NT_187139	TAT	2	6	2992	2997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NT_187139	T	6	6	3158	3163	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NT_187139	ATG	2	6	3207	3212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NT_187139	A	6	6	3224	3229	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NT_187139	ATG	2	6	3269	3274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NT_187139	TGGTGA	2	12	3276	3287	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NT_187139	CTG	2	6	3323	3328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NT_187139	AAG	2	6	3349	3354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NT_187139	TAA	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NT_187139	TAAA	2	8	3388	3395	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NT_187139	TTAT	2	8	3447	3454	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NT_187139	TAA	2	6	3480	3485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NT_187139	AGG	2	6	3486	3491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NT_187139	A	7	7	3498	3504	100 %	0 %	0 %	0 %	426202338
98	NT_187139	AAT	3	9	3524	3532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202338
99	NT_187139	TTTA	2	8	3536	3543	25 %	75 %	0 %	0 %	426202338
100	NT_187139	CAG	2	6	3745	3750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
101	NT_187139	GTT	2	6	3810	3815	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202338
102	NT_187139	TTG	2	6	3823	3828	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202338
103	NT_187139	GCA	2	6	3849	3854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
104	NT_187139	AGC	2	6	3866	3871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
105	NT_187139	A	6	6	3977	3982	100 %	0 %	0 %	0 %	426202338
106	NT_187139	TAG	2	6	3985	3990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202338
107	NT_187139	CTG	2	6	4042	4047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202338
108	NT_187139	AAG	2	6	4056	4061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202338
109	NT_187139	AGA	2	6	4103	4108	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202338
110	NT_187139	AGC	2	6	4118	4123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
111	NT_187139	AGTG	2	8	4145	4152	25 %	25 %	50 %	0 %	426202338
112	NT_187139	TTC	2	6	4162	4167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202338
113	NT_187139	GCA	2	6	4227	4232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
114	NT_187139	ACT	2	6	4266	4271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202338
115	NT_187139	AGC	2	6	4283	4288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
116	NT_187139	A	7	7	4289	4295	100 %	0 %	0 %	0 %	426202338
117	NT_187139	AGC	2	6	4307	4312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
118	NT_187139	CTGAAG	2	12	4381	4392	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	426202338
119	NT_187139	AGC	2	6	4406	4411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
120	NT_187139	AAG	2	6	4513	4518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202338
121	NT_187139	CAG	2	6	4525	4530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202338
122	NT_187139	CAA	2	6	4552	4557	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202338
123	NT_187139	AAT	2	6	4572	4577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202338
124	NT_187139	T	8	8	4607	4614	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NT_187139	AGG	2	6	4683	4688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NT_187139	A	7	7	4694	4700	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NT_187139	GAA	2	6	4704	4709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NT_187139	AAT	3	9	4722	4730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NT_187139	TTTA	2	8	4734	4741	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NT_187139	TAA	2	6	4758	4763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NT_187139	GGA	2	6	4765	4770	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NT_187139	A	7	7	4837	4843	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NT_187139	CAA	2	6	4865	4870	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NT_187139	AAG	2	6	4877	4882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NT_187139	A	7	7	4930	4936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NT_187139	TAC	2	6	4956	4961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NT_187139	GTT	2	6	5083	5088	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NT_187139	TAAA	2	8	5117	5124	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NT_187139	GTAA	2	8	5194	5201	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NT_187139	GTT	2	6	5259	5264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NT_187139	GCT	2	6	5269	5274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NT_187139	TAAC	2	8	5343	5350	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NT_187139	AAAT	2	8	5355	5362	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NT_187139	AGT	2	6	5369	5374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NT_187139	TAT	2	6	5375	5380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NT_187139	TGC	2	6	10542	10547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
289	NT_187139	T	7	7	10560	10566	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NT_187139	CAT	2	6	10574	10579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
291	NT_187139	AGC	2	6	10590	10595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
292	NT_187139	CAG	2	6	10622	10627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
293	NT_187139	CTT	2	6	10682	10687	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
294	NT_187139	CAG	2	6	10757	10762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
295	NT_187139	TAT	2	6	10836	10841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NT_187139	TAT	2	6	10853	10858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NT_187139	TC	3	6	10909	10914	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
298	NT_187139	TTA	2	6	10933	10938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NT_187139	T	6	6	11002	11007	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NT_187139	ATG	2	6	11051	11056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
301	NT_187139	A	6	6	11068	11073	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NT_187139	TGC	2	6	11114	11119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
303	NT_187139	TAA	2	6	11129	11134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NT_187139	A	7	7	11138	11144	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NT_187139	GCA	2	6	11157	11162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
306	NT_187139	AT	3	6	11191	11196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NT_187139	GCT	2	6	11229	11234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
308	NT_187139	ATG	2	6	11251	11256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
309	NT_187139	T	13	13	11338	11350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NT_187139	TAATGC	2	12	11379	11390	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
311	NT_187139	AGG	2	6	11401	11406	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
312	NT_187139	A	7	7	11412	11418	100 %	0 %	0 %	0 %	426202339
313	NT_187139	AAT	3	9	11438	11446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202339
314	NT_187139	TTTA	2	8	11450	11457	25 %	75 %	0 %	0 %	426202339
315	NT_187139	T	6	6	11543	11548	0 %	100 %	0 %	0 %	426202339
316	NT_187139	CAT	2	6	11560	11565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202339
317	NT_187139	A	6	6	11609	11614	100 %	0 %	0 %	0 %	426202339
318	NT_187139	TAA	2	6	11678	11683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202339
319	NT_187139	AG	3	6	11701	11706	50 %	0 %	50 %	0 %	426202339
320	NT_187139	ATA	2	6	11758	11763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202339
321	NT_187139	GATAA	2	10	11769	11778	60 %	20 %	20 %	0 %	426202339
322	NT_187139	TGC	2	6	11840	11845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202339
323	NT_187139	TGG	2	6	11846	11851	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202339
324	NT_187139	TAA	2	6	11896	11901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202339
325	NT_187139	AGT	2	6	11924	11929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202339
326	NT_187139	AAG	2	6	11935	11940	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202339

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.